XAPERONES .


47 views
Uploaded on:
Category: Funny / Jokes
Description
Xaperones. Conjunt de prote
Transcripts
Slide 1

XAPERONES Estrada Gelonch, Anaïs Gallastegui Calvache, Edurne Garí Barbarà, Mercè Guerra Rebollo, Marta Milà Canals, Jordi

Slide 2

Xaperones Conjunt de proteïnes shed jumpers. Presència en totes elles dels dominis importants per la funció, Dos funcions principals: Xaperones moleculars: ajuden al plegament de les proteïnes recentment sintetitzades o desnaturalitzades i al transport/translocació d\'aquestes a través de les layers intracel.lulars. Paper critical en la degradació de proteïnes. Formen part de la by means of de degradació depenent de ubiquitina. Necessiten particles per funcionar correctament (Mg2+, Ca2+,...) Hidrólisis ATP activació xaperona Estructura shed diversa.

Slide 3

Famílies de xaperones Famílies de xaperones que s\'explicaran: Hsp70 Hsp40 (coxaperona) Hsp60 Hsp100 Hsp90

Slide 4

Manteniment de la "funció xaperona"

Slide 5

Hsp70 Ajuda a plegament de proteïnes en formació Guia translocació a través de layers Desensamblatge de proteïnes oligomèriques Control d\'activitat de poteïnes reguladores plegades

Slide 6

Dominis Domini unió substrat Domini unió ATP/ADP Classe: proteïnes multi-domini ( alfa i beta) Plegament: 2 dominis: (1) beta-sandwich: 8 cadenes 2 fulles; (2) 2 alpha-helix Superfamília: domini C-ter unió al substrat Família: domini C-ter unió al substrat Classe: alfa/beta (unitats beta-alpha-beta) Plegament : Ribonuclease H-like theme Superfamília : actin-like ATP domain Família: actin/Hsp70

Slide 7

Cicle ATP-substrat Alternança de 2 estats: Unit an ATP (baixa afinitat substrat) Unit an ADP (elevada afinitat substrat) Associació substrat (Hsp-ATP) Hidròlisi estabilitza interacció Hsp70-pèptid ��  pas limitant Importància de coxaperona

Slide 8

A L 1,2 B L 4,5 L 3,4 L 5,6 Domini d\'unió a substrat β-Sandwich 2 fulles β de 4 cadenes 2 α-hèlix 4 circles ��  butxaca d\'unió a substrat

Slide 9

Substrat Residus hidrofòbics (nucli focal 3 Leu) Freqüents en la cadena polipeptídica

Slide 10

Butxaca hidrofòbica M404 A429 S427 I438 Q433 V436 A435 F426 I472

Slide 11

E.coli Rata Comparació entre espècies (E.coli-rata) - Clustalw

Slide 12

- Stamp RMS = 2.08

Slide 13

Domini d\'unió an ATP 2 subdominis globulars Separats per ranura focal Connectats per 2 hèlix creuades

Slide 14

Loop 1 Loop 2

Slide 15

Asp10 Asp199 Glu175 Asp206 Unió Mg - Residus àcids

Slide 16

1r pas: Hidròlisi de l\'ATP Gly202 Gly203 Thr13

Slide 17

2n pas: Lys71

Slide 18

3r pas: Thr204 Thr13 Lys71

Slide 19

Comparació entre espècies (Humà-E.coli-vaca) Humà E.coli Vaca

Slide 20

STAMP RMS = 1.59

Slide 21

Hsp70 - Actina

Slide 22

Hsp70 – Actina Alineament estructura Alineament seqüència ClustalW (10% homologia) STAMP Superposició

Slide 23

- ClustalW

Slide 24

- STAMP RMS = 2.13

Slide 25

Hsp70 – Glicerol quinasa

Slide 26

Hsp70 – Actina Alineament estructura Alineament seqüència ClustalW STAMP (opcions avançades) Xam (fulles beta) Superposició

Slide 27

- ClustalW

Slide 28

- Xam RMS = 3.40

Slide 29

COXAPERONES de Hsp70/DNAK i Hsc70

Slide 30

Hsp40 i DNAJ N-ter Domini Zn Unió substrat

Slide 31

STAMP (2) STAMP: Superposició dels dominis J Superposicio amb vaca RMS: 1.80 RMS: 6.60

Slide 32

Superposicio last del J-space PDB XAM A partir de regió HPD PDBtoSplitChain.pl Superposició STAMP PDBtoRotate.pl J-area + HPD Superposicio Fins ara...

Slide 33

Superposicio last del J-area (2) Alineament: seqüència arreglada Aa conservats, P-circle Helix I Helix II Helix III Helix IV

Slide 34

Superposicio last del J-space (3) E.coli H.Sapiens Virus Vaca HPD RMS: 1.85

Slide 35

IV I III II DNAJ ( E.Coli ) Hsp40 ( H.Sapiens ) SCOP: Classe: proteïnes tot alfa Plegament: alfa-fastener Superfamília: domini J de xaperones Família: domini J de xaperones Domini J

Slide 36

DNAJ (1bq0.pdb) Interaccions electrostàtiques commotions del domini J Arg21, Lys22, Lys25, Arg26, Lys30 Glu41, Glu43, Glu48, Glu51 Hèlix II Hèlix III + - NMR

Slide 37

DNAJ-DNAK QKRAA i HPD Tyr6, Leu9, Ala52 i Leu56 Hèlix IV Hèlix II Hèlix III HPD

Slide 38

Domini d\'unió an ATP DNAK DNAJ-DNAK Asn170 i Thr173 Arg167 Val11, Ser12, Ala15, Arg18, Glu19, Ile20, Arg21, Ala23, Tyr24, Lys25, Arg26, Leu27, Met29, Lys30, Tyr53 i Thr57 . Domini J DNAJ Asp34 (HP D ) Hèlix II

Slide 39

Core d\'aminoàcids apolars (hidrofòbics) Hsp40 (1hdj.pdb) His Pro Asp NMR

Slide 40

Hsp40 Residus implicats en l\'estabilització del center i la interacció amb Hsp70 N t Hèlix I Hèlix III C t Ala49 Hèlix II Hèlix III P-circle

Slide 41

Hsp40-Hsp70 Lys, Arg i His de l\'hèlix II - Glu, Asp + Domini J Hsp40 Domini d\'unió an ATP Hsp70

Slide 42

Domini J de l\'antigen T de poliomavirus de rata (1faf.pdb) Domini J (PyJ) a l\'extrem N-terminal dels Antigens T de poliomavirus de rata No howdy ha una quarta hèlix. Coxaperona de Hsp70 Glutamines 31, 32 i 36 Lys35 Residus de l\'hèlix II que reconeixen carboxilats de la superfície de Hsp70 NMR

Slide 43

El motiu HPD de PyJ Pro43 (C\') Asp44 es posiciona Interacció amb Arg Hsp70 His42 (c ) stacking

Slide 44

Domini J de l\'Antigen T de SV40 (1gh6.pdb) Model proposat:AgT-Hsc70 ~ DNAJ-DNAK AgT-Hsc70 Hidròlisi ATP Rb i E2F es disocien Rb Resolució: 3.20

Slide 45

Rigidesa a l\'Ag T Ponts d\'hidrogen Força d\'stacking Lys45 Asp44 His42 Loop L2 Glu40 Phe41 Pro43

Slide 46

Flexibilitat a l\'AgT Gly46 Gly47

Slide 47

Similaritat DNAJ-AgT (coxaperones) Majoria dels residus implicats en formació del center RMS: 2.10

Slide 48

Loop L3 A DNAJ Arg22, Tyr25, Tyr32, Tyr54 i Thr58 estan exposats Residus reciprocals a l\'antigen T estan enterrats pel circle L3 i l\'hèlix alfa4 Hèlix alfa4

Slide 49

Similaritat DNAK-Hsc70 (xaperones) RMS: 1.48

Slide 50

Hsp60 (xaperonina)

Slide 51

Xaperona 60 (xaperonina) 2 grans grups: Grup I ��  GroEL (bactèries, mitocòndries, cloroplasts) Grup II ��  CCT (citosol d\'eucariotes, Archaea) 2 funcions (grupI) Impedir agregació de pèptids mig plegats Plegament de proteïnes parcialment plegades

Slide 52

GroEL versus GroEL-GroES 2 anells (cis i trans) 7 subunitats GroES 60Kda/subunitat 1AON 1KP8

Slide 53

Subunitats Apical Substrat GroES Intermig Moviments Senyals Nucleòtids Anell trans Equatorial

Slide 54

Passos del plegament Unió del polipèptid Unió de l\'ATP ��  Canvis conformacionals Unió de la coxaperona GroES ��  plegament Hidròlisis de l\'ATP Alliberació del polipèptid, GroES i ADP

Slide 55

Unió del polipèptid Residus hidrofòbics: domini apical i substrat ( mal plegat ) Reconeixement basic i inespecífic

Slide 56

Hèlix H Hèlix I Unió del polipèptid Leu234 Val264 Leu 237 Val263 Leu259 Tyr203 Phe204 Ser201 Loop (6-7) Tyr199

Slide 57

Unió a l\'ATP Entrada i sortida sense hidròlisi Residus importants Altres ( Asp87, Asp495, Thr89, Thr91, Gly415, Ala480 ) Asp398 Ile150

Slide 58

Asp398 Ile150 Unió a l\'ATP 2 senyals: cooperativitat postiva i negativa ��  canvi conformacional

Slide 59

Unió a l\'ATP (ATP restricting site) Asp398 Ser151 Asp87 Ile150 Asp 398 (OH) s\'uneix al Mg 2+ Thr91 Gly32 Ala481 Pro33 Ile454 Ala480

Slide 60

Recerca d\'homòlegs de la regió d\'unió an ATP (central) ��  1IOK ( Paracoccus denitrficans ) ClustalW (1AON i 1IOK) Els aa d\'unió an ATP es conserven?

Slide 61

Ile150 Asp398 ClustalW (1AON i 1IOK)

Slide 62

60º 90º Hèlix F Hèlix M Hèlix G 25º Canvis conformacionals

Slide 63

Canvis conformacionals Gly192 Gly375 Gly410 Pro137 Gly410 Translocació dels residus hidrofòbics ( contacte amb el GroES )

Slide 64

Canvi conformacional (STAMP) GroEL (1KP8) GroEL-GroES (1AON)

Slide 65

GroES 9 fulles β + versatile circle

Slide 66

Leu 27 Ile25 Val26 Leu234 Leu237 Val264 GroES Iguals residus (unió pèptid) ��  el polipèptid es deslliga i cau commotions el channel (medi òptim)

Slide 67

I per últim... Hidròlisi de l\'ATP Relaxa la unió GroES-GroEL Senyals a l\'altre anell ��  nova unió pèptid i ATP Alliberament de l\'ADP, pèptid i GroES

Slide 68

Grup II : CCT Subunitat GroEL Subunitat CCT

Slide 69

Hsp100

Slide 70

HSP100/Clp Proteïnes de 100kDa Classes (2) i subfamílies (8) Estructura d\'anell ATP Hexàmer Funcions: Increment de tolerància an altes temperature Promou hidròlisis de substrats específics Regulació de transcripció .

Slide 71

Mecanisme d\'acció

Slide 72

SCOP Domini N-terminal Classe: tot alfa Plegament: multihelix alfa Superfamília: dos repeticions estructurals de 4 hèlix alfa Família: twofold ClpN theme

Slide 73

ATP1-Middle-ATP2 (ClpB) Open sheet Classe: alfa-beta Plegament: P-circle Superfamília: P-circle Família: domini AAA-ATPasa

Slide 74

Dominis Walker A Walker B1 Walker B2

Slide 75

ADP-Mg i dominis Walker Interacció entre MG, ADP i motius Walker A Walker B2 Butxaca per ADP-Mg Walker A land de la butxaca Walker B2 circle, sostre de la butxaca

Slide 76

ADP-Mg i dominis Walker A Walker B1 Walker B2 ATP

Slide 77

Hsp90

Slide 78

Hsp90 3 dominis N-t Intermig C-t Unió subtrat Unió ATP

Slide 79

Estructura dels dominis ? domini C-t domini N-t domini intermig

Slide 80

Mecanisme d\'acció 1. Estat relaxat (no ATP) 2. Unió d\'ATP (interacció amb proteïnes) 3. Unió de la cochaperona

Slide 81

Domini N-t plegament

Slide 82

Classificació segons SCOP domini unió ATP/ADP Classe: alfa + beta Plegament: - fulla beta amb 8 cadenes -

Recommended
View more...